Με τον ίδιο τρόπο που έγινε πέρυσι θα διεξαχθεί και το Κύπελλο Ελλάδος 2015-16. Ωστόσο, η ΕΠΟ αποφάσισε στη 2η φάση, αυτή των ομίλων οι ομάδες της Super League να δίνουν δύο εκτός έδρας ματς και έναν εντός, ενώ αυτές της Football League θα αγωνιστούν μία φορά μακριά από το γήπεδό τους.
Η απόφαση της ΕΠΟ:
«Εγκρίθηκε η Προκήρυξη Κυπέλλου Επαγγελματικών Ομάδων 2015/2016. Το σύστημα διεξαγωγής των αγώνων παραμένει ίδιο με αυτό της προηγούμενης αγωνιστικής περιόδου, εκτός της πρόβλεψης ότι στη 2η φάση (φάση ομίλων) οι δύο ομάδες της Super League σε κάθε όμιλο θα δώσουν δύο (2) αγώνες εκτός έδρας και έναν στην έδρα τους, ενώ οι δύο ομάδες της Football League το αντίστροφο».
