Σε ριζικές αλλαγές στο σύστημα διεξαγωγής του Κυπέλλου της προχώρησε η ΕΠΣ Θράκης, ακολουθώντας το ρεύμα της εποχής που συνιστά την προσπάθεια να προκαλέσει το ενδιαφέρον του φίλαθλου κοινού κάνοντας πιο ανταγωνιστικές τις διοργανώσεις πρωταθλήματος και Κυπέλλου.
Η συμμετοχή είναι υποχρεωτική για όλες τις ομάδες της Α1, Α2 και Β’ Κατηγορίας της ΕΠΣ Θράκης και προαιρετική για την ομάδα Κ17 της ΠΑΕ Πανθρακικός.
Σε μεγάλο βαθμό ο τρόπος διεξαγωγής πάντως στην ΕΠΣ Θράκης θυμίζει αυτόν του Κυπέλλου Ελλάδος, που εφαρμόζεται από πέρυσι, με αρκετές ωστόσο διαφοροποιήσεις.
Στην Α’ Φάση αρχικά οι ομάδες που ανήκουν στο δυναμικό της ΕΠΣ Θράκης χωρίζονται σε δύο γκρουπ δυναμικότητας. Οι ισχυροί θα είναι οι 12 ομάδες της Α1, όσες υποβιβάστηκαν από την Α1 στην Α2 και οι τέσσερις πρώτες της Α2 Κατηγορίας, ενώ στο γκρουπ των αδυνάτων θα μετέχουν οι υπόλοιπες οκτώ ομάδες της Α2 , οι ομάδες της Β’ Κατηγορίας, όσες δεν συμμετείχαν στην αγωνιστική περίοδο 2014-15 και η Κ17 της ΠΑΕ Πανθρακικός, εφόσον δηλώσει συμμετοχή στη διοργάνωση του κυπέλλου.
Ωστόσο, εφόσον ο αριθμός των ομάδων του δεύτερου γκρουπ δυναμικότητας είναι μεγαλύτερος του δεκαέξι, θα προηγηθούν μονοί αγώνες πρόκρισης μεταξύ των ομάδων της Β’ Κατηγορίας, ώστε σε κάθε γκρουπ να μετέχουν 16 ομάδες. Εφόσον συνολικά έχουν προκύψει 32 ομάδες, θα γίνει κλήρωση όπου ένας ισχυρός θα αντιμετωπίσει έναν ανίσχυρο, σε έδρα που θα καθοριστεί από κλήρωση, ώστε να προκύψουν συνολικά 16 ομάδες που θα προκριθούν στην Β’ Φάση.
Στην Β’ Φάση θα συμμετέχουν οι 16 ομάδες που προκρίθηκαν από την Α Φάση, οι οποίες θα συγκροτήσουν τέσσερα γκρουπ δυναμικότητας (group A, group B, group C, group D), ανάλογα με τη βαθμολογική κατάταξη των ομάδων στην αγωνιστική περίοδο 2014-15. Από αυτά τα τέσσερα γκρουπ δυναμικότητας θα σχηματιστούν τέσσερις όμιλοι των τεσσάρων ομάδων, σε καθέναν από τους οποίους θα συμμετέχει μία ομάδα από κάθε γκρουπ δυναμικότητας. Στην συνέχεια θα ακολουθήσει ένα μίνι πρωτάθλημα τριών αγωνιστικών, στα πρότυπα αυτών που σχηματίζονται στο Κύπελλο Ελλάδος, με κανονική βαθμολογία, όπου στην επόμενη φάση θα προκριθούν οι δύο πρώτοι από κάθε όμιλο.
Η Γ’ Φάση ουσιαστικά είναι οι προημιτελικοί και θα γίνει σε διπλούς αγώνες, μετά από κλήρωση που θα διεξαχθεί στην οποία ωστόσο δεν θα υπάρχουν περιορισμοί. Αυτό σημαίνει ότι θεωρητικά θα μπορούν να κληρωθούν ως αντίπαλες ομάδες που μετείχαν στον ίδιο όμιλο στην προηγούμενη φάση. Από τους αγώνες αυτούς θα προκύψουν οι ομάδες της τελικής τετράδας στην Δ’ Φάση, αυτήν των ημιτελικών, όπου επίσης θα διεξαχθούν διπλές αναμετρήσεις. Οι δύο που θα προκριθούν θα αποτελέσουν τους φιναλίστ του τελικού της σεζόν 2015-2016 (Ε’ Φάση – Τελικός), ο οποίος θα είναι όπως κάθε χρόνο μονός και θα διεξαχθεί στο Ενωσιακό Γήπεδο της ΕΠΣ Θράκης στην περιοχή του Ραδιοφωνικού Σταθμού Κομοτηνής.
Ο Κυπελλούχος θα εκπροσωπήσει το Νομό Ροδόπης στο αναβαθμισμένο Κύπελλο Ερασιτεχνών Ελλάδος, όπου η συμμετοχή θα είναι υποχρεωτική.
