Μετά τις προκρίσεις Καλλιθέας και Αχαρναϊκού έγιναν γνωστά τα τρία γκρουπ από τα οποία θα προκύψουν οι οκτώ όμιλοι της δεύτερης φάσης
A’ Γκρουπ: Ολυμπιακός, Παναθηναϊκός, ΠΑΟΚ, Αστέρας Τρίπολης, Ατρόμητος, ΠΑΣ Γιάννινα, Παναιτωλικός, Skoda Ξάνθη.
Β’ Γκρουπ: Πλατανιάς, ΑΕΛ Καλλονής, Πανθρακικός, Πανιώνιος, Βέροια, Λεβαδειακός, ΑΕΚ, Ηρακλής.
Football League: ΑΕΛ, Αν. Καρδίτσας, Απόλλων, Αχαρναϊκός, Ελευσίνα, Εργοτέλης, Ζάκυνθος, Καλλιθέα, Κέρκυρα, Κισσαμικός, Λαμία, Ολυμπιακός Β., Παναιγιάλειος, Παναχαϊκή, Πανσερραϊκός, Χανιά. Σημειώνεται ότι οι ομάδες της Football League θα κληρωθούν σε 3ο και 4ο γκρουπ.
Η προκήρυξη της ΕΠΟ αναφέρει για τη 2η φάση:
«2η φάση
α. Διεξαγωγή/όμιλοι
Θα λάβουν μέρος οι δεκαέξι (16) ομάδες της Β΄ Εθνικής (Football League), όπως προέκυψαν από την 1η φάση και οι δεκαέξι (16) ομάδες της Α΄ Εθνικής( Super League). Σύνολο τριάντα δύο (32) ομάδες.
Οι αγώνες θα διεξαχθούν με το σύστημα των ομίλων.
Οι τριάντα δύο (32) ομάδες θα συγκροτήσουν οχτώ ομίλους και ο κάθε όμιλος θα αποτελείται από τέσσερις (4) ομάδες, από τις οποίες δύο (2) θα είναι της Super League και δύο (2) της Football League.
Οι αγώνες των ομίλων θα είναι μονοί και θα ολοκληρωθούν σε διαδικασία τριών (3) αγωνιστικών ημερών.
β. Κλήρωση
Στην πρώτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι ομάδες της Super League που κατατάχτηκαν στη λήξη της κανονικής περιόδου του πρωταθλήματος 2014-2015 στις θέσεις ένα έως οχτώ (1 έως 8) της βαθμολογίας. Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό ένα (1).
Στη δεύτερη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι ομάδες της Super League που κατατάχτηκαν στη λήξη της κανονικής περιόδου του πρωταθλήματος 2014-2015 στις θέσεις εννιά έως δεκατέσσερα (9 έως 14) και οι δύο (2) ομάδες που προβιβάστηκαν από τη Football League. Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό δύο (2)
Στην τρίτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οχτώ ( 8) ομάδες της Β΄ Εθνικής, όπως θα προκύψουν από τη δημόσια κλήρωση. Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό τρία (3).
Στην τέταρτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι υπόλοιπες οχτώ (8) ομάδες της Football League. Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό τέσσερα (4).
Οι οχτώ (8) όμιλοι θα συγκροτηθούν με μία ομάδα από κάθε μία από τις τέσσερις κατηγορίες που θα τοποθετείται σε όμιλο κατόπιν κλήρωσης.
Η συγκρότηση θα ξεκινήσει από την τέταρτη κατηγορία και θα ολοκληρωθεί, με τις ομάδες της πρώτης κατηγορίας.
γ. Σύστημα Διεξαγωγής/ Πρόκριση
Το σύστημα διεξαγωγής των αγώνων της 2ης φάσης, θα διασφαλίζει, ρητώς, ότι οι δύο ομάδες της Α΄ Εθνικής Κατηγορίας θα δώσουν δύο (2) αγώνες εκτός έδρας και ένα (1) στην έδρα τους και οι δύο (2) ομάδες της Β΄ Εθνικής θα δώσουν δύο (2) αγώνες στην έδρα τους και ένα (1) αγώνα εκτός έδρας, ως ακολούθως:
1η αγωνιστική: 1Χ2, 4Χ3
2η αγωνιστική: 3Χ1, 2Χ4
3η αγωνιστική: 3Χ2, 4Χ1».
