Ιστορικές στιγμές ζει η Άρτα, καθώς μετά την πολυετή παρουσία της Αναγέννησης Άρτας στις εθνικές κατηγορίες τα παλαιότερα χρόνια, έφτασε η ώρα και για τη “μικρή” ΑΕ Καραϊσκάκης να δώσει το παρόν στη Football League και να εκπροσωπήσει την “ποδοσφαιρομάνα” πόλη της Ηπείρου.
Μπορεί η άνοδος να επιτεύχθηκε από το…παράθυρο, ένεκα της απόφασης της ΕΠΟ να συμπληρώσει τις 18 ομάδες της κατηγορίας (μετά τον υποβιβασμό του Ηρακλή και την οικειοθελή αποχώρηση του Αγροτικού Αστέρα), ωστόσο αυτό λίγη σημασία έχει για τους Αρτινούς, που μετά τους σύντομους πανηγυρισμούς μπήκε άμεσα σε διαδικασία συγκρότησης του ρόστερ.
Η Αθλητική Ένωση Καραϊσκάκης ιδρύθηκε το 2012, έπειτα από συγχώνευση τριών ομάδων από την Άρτα, τον Αετό Διασέλλου, την Ομόνοια Πέτρας και τον Α.Ο. Άρτας
Την πρώτη της σεζόν η ομάδα αγωνίστηκε στην τέταρτη εθνική κατηγορία, την Δ΄ Εθνική, όπου και τελείωσε 7η, μόλις μια θέση πάνω από την ζώνη του υποβιβασμού σε τοπικά πρωταθλήματα. Αυτό, σήμαινε και την άνοδο της ομάδας στην Γ΄ Εθνική. Την επόμενη περίοδο, 2013-14, πλέον στην τρίτη κατηγορία, η ομάδα έπειτα από μια επιτυχημένη σεζόν, κατέλαβε την 4η θέση ανάμεσα σε 16 ομάδες.
Με καλή διοίκηση, δυνατό ρόστερ και στήριξη από τους κατοίκους της Άρτας, ο Καραϊσκάκης την περίοδο 2014-2015, μόλις για έναν βαθμό δεν πέτυχε την άνοδο στην επαγγελματική κατηγορία, Β’ Εθνική, χάνοντας από τα Τρίκαλα στην τελευταία αγωνιστική, μέσα στο κατάμεστο Δημοτικό Στάδιο Αγίων Αναργύρων της Άρτας. Την περίοδο 2015-16 τερμάτισε ξανά δεύτερος για δεύτερη σερί χρονιά.Επίσης κατέκτησε για πρώτη φορά στην ιστορία του το κύπελλο της ΕΠΣ Άρτας.
Τον Σεπτέμβριο του 2016 βγήκε κοινή ανακοίνωση με την διοίκηση της Αναγέννησης Άρτας για συνεργασία και κοινή πορεία των δυο ομάδων. Η συνεργασία τελικά δεν προχώρησε. Στο τέλος της περιόδου 2016-17 τερμάτισε δεύτερος για τρίτη σερί χρονιά.
Μετά το τέλος του πρωταθλήματος η ομάδα κατάφερε να κερδίσει το Κύπελλο Γ εθνικής 2016-17.Σαν κυπελλούχος διεκδίκησε με τον Ηρόδοτο το Σούπερ Καπ Ερασιτεχνών ποδοσφαίρου Ελλάδος αλλά έχασε με 1-0.
Προπονητής της ομάδας είναι ο 41χρονος (21/08/1976) με καταγωγή από την Κατερίνη, Σάκης Παπαβασιλείου, ο οποίος έχει θητεύσει στο παρελθόν σε Ολυμπιακό Βόλου, ΑΟ Χανιά, Νέστο Χρυσούπολης, Βατανιακό και Αιγινιακό.
Αναλυτικά το ρόστερ και οι μεταγραφές :
Τερματοφύλακες
Ηλίας Μέλκας (07/10/1989) από Πανσερραϊκό
Απόστολος Σιαράβας (31/07/1981)
Χαρίλαος Ραχιώτης (22/06/1992)
Αμυντικοί
Παντελής Θεολόγου (07/05/1991) από ΑΟ Χανιά
Αριστοτέλης Καραγιαννίδης (15/06/1990)
Απόστολος Αβραμίδης (01/12/1988)
Μάριος Καψάλης (06/09/1999)
Γιώργος Φίλιος (01/01/1995) από ΑΟ Ανατολής
Νικηφόρος Τσοντάκης (12/04/1994) από Κισσαμικό
Νίκος Παπανίκου (05/01/1992)
Μέσοι
Βασίλης Μουκίδης (23/10/1994) από Αιγινιακό
Γιάννης Γούλας (02/06/1987)
Ντονάλντο Άτσκα (17/09/1997) από Εθνικό Φιλιππιάδας
Γιώργος Μακρής (15/11/1984) ως ελεύθερος
Τζορτζ Κόλινς (14/06/1988)
Μάριος Χούσος (28/08/1987) από Σκουφά Κομποτίου
Λάμπρος Μπαλαδήμας (19/06/1994) από Αμβρακία Κωστακιών
Τάσος Δημητριάδης (27/02/1997) δανεικός από ΠΑΟΚ
Επιθετικοί
Στέλιος Μακρίδης (09/09/1991) ως ελεύθερος
Δημήτρης Κυριάκης (01/01/1993) από Σκουφά Κομποτίου
Αριστείδης Μιχάλης (19/09/1990) από Εθνικό Φιλιππιάδας
Νίκος Γυφτοκώστας (01/07/1992)
Γιάννης Λουκίνας (20/09/1991) από Ηρακλή
Σωκράτης Ευαγγέλου (21/07/1993)
Άγγελος Τσάκαλος (28/07/1996)
